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Tra il 1943 e il 1945 la città di Milano venne occupata dai soldati nazisti. Le SS si stabilirono presso l'Albergo Regina & Metropoli. Il lussuoso albergo vicino al Duomo divenne luogo di tortura per ebrei, oppositori politici e partigiani. Le persone arrestate, dopo lunghe torture, venivano condotte presso il Carcere di San Vittore, utilizzato dalle autorità tedesche come "campo di concentramento provinciale". Veniva quindi seguita verso questi arrestati una procedura che richiedeva un certo tempo dedicato alla organizzazione di convogli ferroviari composti esclusivamente da carri bestiame e alla formazione delle liste dei prigionieri. La Stazione di Milano Centrale venne sfruttata per organizzare le deportazioni dei prigionieri verso i campi di concentramento. La scelta logistica ricadde su questa stazione poiché progettata con un area merci "nascosta" all'interno del fabbricato. Sotto al piano binari sopraelevato, sul piano stradale, si sviluppava l'area dedicata al carico e scarico dei vagoni. I convogli venivano scomposti all'ingresso della volta in ferro; ciascun vagone veniva calato dal piano binari al piano stradale attraverso dei montacarichi e da qui venivano portati al fascio di binari interni alla stazione attraverso un carrello traslatore. Terminate le operazioni di carico/scarico i vagoni seguivano il percorso inverso per tornare sul piano sopraelevato. Il binario prossimo a via Ferrante Aporti, noto come binario 21, era principalmente dedicato al trasporto postale, poiché adiacente al Palazzo delle Regie Poste che affianca la stazione (l'attuale Palazzo Aporti).

Dopo aver posizionato i carri bestiame su questi binari, i prigionieri venivano condotti con camion dal carcere di San Vittore alla stazione. I furgoni entravano nel ventre della stazione dal passaggio destinato alle poste. Una volta dentro, sulla banchina di carico e scarico postale, i prigionieri venivano fatti scendere e condotti nei vagoni con spinte, calci e pugni. Il vagone veniva dunque sigillato e riportato al piano dei binari con il suddetto sistema. Una volta ricomposto il treno, i prigionieri venivano deportati ai campi di Auschwitz–Birkenau, Mauthausen, Bergen-Belsen, Ravensbrück, Flossenbürg, Fossoli e Bolzano. Il 6 dicembre 1943 partì il primo convoglio di prigionieri ebrei, con 169 persone, di cui soltanto 5 sopravvissero. Si conosce il numero dei convogli RSHA partiti dal binario 21, che furono 20 (12 di soli ebrei, 5 di politici e 3 di misti); si hanno invece solo dati frammentati circa i deportati, ad esempio è certo che in un convoglio partito nel gennaio 1944 si trovavano 605 passeggeri, dei quali si conosce anche la sorte. Tra i pochi sopravvissuti c'è anche Liliana Segre, tra le principali promotrici della futura costruzione del memoriale.

La stazione merci di Milano centrale continuò la sua attività anche nel dopoguerra, fino al 2001. All'inizio del XXI secolo la stazione fu oggetto di importanti lavori di ammodernamento. Nel 2002 l'area destinata al trasporto merci, ormai in completo stato di abbandono, venne riqualificata e gli spazi vennero destinati ad uso commerciale. Si decise di conservare l'area del binario 21 a testimonianza dei fatti accaduti. Nel 2004 viene elaborato il progetto preliminare degli architetti Guido Morpurgo e Eugenio Gentili Tedeschi. Il progetto viene interamente rielaborato ed ampliato da Morpurgo e da Annalisa de Curtis. Dai 5.000 m² del progetto iniziale si arriva a prevedere uno spazio di 7.060 m². Nel settembre 2008 viene presentata pubblicamente la nuova versione del progetto in occasione dell'accordo siglato tra Ferrovie dello Stato e Fondazione Memoriale della Shoah per la cessione delle aree. Il nuovo progetto pone l'obbiettivo di "realizzare un luogo di memoria e un luogo di dialogo e incontro tra religioni, etnie e culture diverse...". Il 26 gennaio 2010 ha avuto luogo la cerimonia di posa della prima pietra. Il 27 gennaio 2012 il “cuore” del memoriale, ovvero l'area dedicata alla testimonianza degli eventi, si apre alle visite di scolaresche milanesi e nazionali. Nel 2013 sono stati completati la biblioteca, l'auditorium, gli allestimenti permanenti, gli spazi di supporto e l'ingresso nord. Tali opere sono state completate grazie al contributo di privati e istituzioni, attraverso una raccolta fondi sul sito della Fondazione. Ultimati i lavori, il 27 gennaio 2013 viene inaugurato il memoriale.